Nei primi anni '70, Fondazione San Raffaele ha fondato un ospedale privato, completamente indipendente, il quale ha in breve tempo ottenuto il riconoscimento quale IRCCS (istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico), permettendo così lo svolgimento della ricerca clinica.

L'Ospedale San Raffaele, con la sua assidua applicazione ai trials clinici (circa 140 all’anno) è ora uno dei più grandi e rinomati ospedali privati italiani con 1.068 posti letto accreditati nella sua struttura principale di Milano.

Nel 1992 è stato costruito il DIBit (Dipartimento per la Ricerca Biotecnologica) che copre un’area di 12.000 metri quadrati.
Attualmente vi lavorano 270 persone tra scienziati, tecnici e personale amministrativo, unitamente a 130 borsisti, tirocinanti e collaboratori a progetto.
Nel corso degli anni, la produzione scientifica dell'Istituto si è andata affermando sia per numero di pubblicazioni che per qualità complessiva.

Nell'anno 2003, sono stati pubblicati 534 papers scientifici, con un impact factor totale di 2785; nell'anno 2004 le pubblicazioni sono state 596 con un impaact factor pari a 3096. Le aree di eccellenza della struttura sono: AIDS e malattie infettive, Tecnologie Biomediche, Immunoterapia dei Tumori, Diabete e Disturbi Metabolici, Genetica e Terapia Genica, Infiammazioni, Neuroscienze e Ricerca sulle Cellule Staminali.

Dall'anno 2001, l'Istituto Scientifico San Raffaele ha ottenuto dal Ministero della Salute il riconoscimento quale IRCCS (Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico) nel campo della Medicina Molecolare.

Nell'anno 1996 è stata costituita l’Università Vita-Salute San Raffaele, inizialmente con la Facoltà di Psicologia, seguita nel 1998/1999 dalla Facoltà di Medicina e Chirurgia e dal Diploma Universitario in Infermieristica e nel 2000/2001 dal Diploma Universitario in Fisioterapia e dal Corso di Scienze della Comunicazione.

Nell'anno accademico 2001/2002, all’interno della Facoltà di Medicina, ha preso avvio il Corso di Laurea in Biotecnologie.
I sopra citati diplomi in Infermieristica e Fisioterapia sono attualmente diventati corsi di laurea triennali, all’interno della facoltà di Medicina e Chirurgia, mentre nel 2002 ha preso avvio anche la Facoltà di Filosofia.
Le attività didattiche comprendono inoltre un Dottorato di Ricerca europeo in Biologia Cellulare e Molecolare, che è stato riconosciuto dal MIUR (Ministero dell’Istruzione, Università e Ricerca) quale dottorato internazionale e, in aggiunta, nel 2001 è stato riconosciuto quale dottorato internazionale in Medicina Molecolare.